Nach der 1990 vollzogenen Wiedervereinigung beider deutscher Staaten, der Bundesrepublik Deutschland und der Deutschen Demokratischen Republik, wird 1994 aufgrund des Ausbaus der Fernbahnstrecke nach Berlin im Rahmen der „Verkehrsprojekte Deutsche Einheit Nr. 2“ die Gleichstrom-S-Bahn zwischen Bergedorf und Aumühle vorübergehend eingestellt und durch dieselbespannte Nahverkehrszüge ersetzt.

Gleichzeitig beginnt im Abschnitt Hauptbahnhof – Aumühle der Neubau von gesonderten Gleisen für die S-Bahn und damit die schrittweise Trennung von der Fernbahnstrecke nach Berlin. Von Hauptbahnhof bis Wohltorf stehen nach Abschluss der Arbeiten für S- und Fernbahn jeweils zwei eigene Gleise zur Verfügung, von Wohltorf bis Aumühle erhält die Fernbahn zwei Gleise und die S-Bahn ein Gleis. Im Bereich Bergedorf – Aumühle werden außerdem die letzten Bahnübergänge durch Brücken oder Unterführungen ersetzt.

Beide deutschen Staatsbahnen, die Deutsche Bundesbahn und die Deutsche Reichsbahn, gehen bei der Bahnreform gemeinsam mit der West-Berliner Verwaltung des ehemaligen Reichsbahnvermögens am 1. Januar 1994 im Bundeseisenbahnvermögen auf. Der unternehmerische Teil zum Erbringen von Eisenbahnverkehrsleistungen und zum Betreiben der Eisenbahninfrastruktur wird auf die dafür gegründete „Deutsche Bahn Aktiengesellschaft“ am 5. Januar 1994 ausgegliedert.

Leise und umweltschonende Drehstrom-Antriebstechnik, stufenloser und damit bequemer Einstieg in die Wagen sowie ansprechende Gestaltung des Fahrgastraumes: Einige Details des neuen Triebzuges der Baureihe 474, der ab 1996 bis 2001 in zwei Bauserien mit 103 Fahrzeugen (4001-4103) von den Firmen ADTRANZ LHB und Alstom LHB nach Hamburg geliefert wird.